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生物和非生物刺激的反應轉運蛋白相關的基因
閱讀：111 發布時間：2023-6-2這種植物具有耐鹽、抗熱，抗寒的特性。伊利諾伊大學厄巴納 -香檳分校HanBohnert植物生化實驗室博士后Dong-HaOh告訴GenomeWebDailiNew通常情況下。0,0;WORD-SPA CING:0px;-webkit-text-size-adjust:auto;-webkit-text-stroke-width:0px">說“擬南芥已經被很好的研究，但是不具有任何抗性。
來自美國，韓國和沙特阿拉伯的Oh和他同事們用高通量測序完成了條葉藍芥（Thellugiellaparvula基因組草圖，通過比較條葉藍芥與擬南芥的基因組和轉錄組序列，發現了有關條葉藍芥可以在條件下生存的遺傳機制的線索。其中包括：涉及到應激反應和其它基因的加倍。研究人員用454GSFLXTitanium和IlluminaGA II測序平臺對生長在土耳其中心的鹽湖的一株條葉藍芥DNA 進行測序，測序深度達到50倍，條葉藍芥的基因組大小約為1.4億個堿基。條葉藍芥與擬南芥大約在43萬年前發生分離，盡管他之間的親緣關系很近，但這兩種植物耐受鹽和其他脅迫的能力*不同。
研究人員寫到條葉藍芥基因組的公布提供了研究染色體結構，組織，基因補充的獨到視角，特別重要的條葉藍芥的基因組與擬南芥的基因組相對較，無疑這種植物是壓力敏感的物種。利用兩種平臺互補的方法----用羅氏454read作為序列的骨架，用測序深覆蓋度的illuminaread補gap并且相互校正read準確率---組裝出將近1500個 meta-contig每個meta-contig長度在1000bp-1300萬bp之間。Oh說“許多大contig與染色體臂的大小相當，因此，能夠利用新一代測序工具組裝染色體"當研究人員分析條葉藍芥草圖基因組時，預測大約28901個編碼蛋白序列，擬南芥的基因組比條葉藍芥的小15%左右，其編碼蛋白為27059個。新的基因組中預測的19000多個ORF與條葉藍芥的不同組織的轉錄組序列一致。
總的來說，研究人員報道在NCBIBLA STN數據庫搜索的53％的條葉藍芥基因與擬南芥序列非常相似。Oh說，乍一看，兩個基因組的基因組成是非常相似的但他和他同事發現兩者的細微差異。值得注意的雖然條葉藍芥和擬南芥基因組中含有類似數目的串聯重復基因，但在兩種植物中，重復的基因只有一半是重疊的相反，條葉藍芥基因組中似乎包括更多的參與逆境適應或其它未知功能的基因的重復。此外，與擬南芥轉錄組數據的比較標明條葉藍芥基因組中含有過量的發育相關、生物和非生物刺激的反應相關和轉運蛋白相關的基因。
另一方面，研究人員報道，與擬南芥相比，條葉藍芥似乎有很少的信號傳導基因。Oh說，研究人員繼續研究導致葉藍芥抗逆性優于擬南芥的基因組，基因和蛋白模式，包括特異性研究基因發生突變時，增加擬南芥逆境敏感性的基因。初步結果標明，條葉藍芥中，這些脅迫基因顯示出不同的拷貝數，啟動子，表達和蛋白質功能模式