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根據結構，可以把表位分為構象決定簇、線性決定簇及新抗原決定簇。
1、構象決定簇
在蛋白質分子折疊時，由線性氨基酸序列的相隔離的氨基酸殘基而形成的空間構象，稱為構象決定簇（conformational determinant）（圖3A）。如溶菌mei分子上的表位來自一級序列的兩個相隔離的氨基酸殘基，所以蛋白質或者肽類抗原的抗原決定簇依賴于其一級結構和空間結構。
2、線性決定簇
蛋白質抗原上的表位是由相鄰連續的或非連續的氨基酸序列形成的局部表面結構。在共價序列的鄰近氨基酸殘基形成的表位稱為線性決定簇（linear determinant)。據估計，能與抗體形成特異性結合的線性決定簇的大小為6個氨基酸殘基左右。一般情況下，線性決定簇不能與抗體的抗原結合部位接觸，只有在其變性時被暴露。
3、新抗原決定簇
有一種在天然蛋白質分子中不存在或不被暴露的抗原決定簇，經過特定的蛋白酶水解后才形成或被暴露出來，這種抗原決定簇稱為新抗原決定簇（neoantigenic determinant）。
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